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整個腸胃系統皆有神經分佈的控制，有的神經會刺激胃及腸道蠕動，有的神經則是相反會抑制胃排空，因這些神經互相協調配合才可使腸道功能正常。
若糖尿病傷害到這些神經時，其情形可能就會不一樣，上消化道功能失調可能會影響到食道、胃、及上腸道，症狀包括胸口灼熱、逆流、厭食、易飽、噁心、脹氣、反胃、進食數小時後仍嘔吐未消化食物等，不過也可能無任何症狀，需借助儀器作進一步診療。再治療方面包括：低脂肪、低纖維、少量多餐的進食方式，某些促進胃蠕動的藥物 （Metocopamide，Domperidone，Cisapride）可減輕病情，很嚴重的病患可能需要空腸造口，用以管灌餵食。
下消化道功能失調患者，約有百分之六十有便祕的問題，治療包括：增加食物纖維、使用藥物軟便或增加大便體積，或使用促進腸蠕動的藥物 （Metocopamide，Domperidone，Cisapride），有時小腸蠕動過慢會造成正常腸道細菌過度增生而導致腹瀉，腹瀉也會在過度蠕動下發生，而可能發生於夜間、間歇性伴隨便祕、有時大便失禁且不一定會絞痛，治療包括：抗生素、Clonidine、Cholestyramine、Lomotil、Somatostatin等，此外放鬆及腸道訓練對有些病人是有幫助，但為了要避免此種情形的發生，早期治療及血糖控制正常是不二法門。
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