這是種如果能夠活著到達腸道就能夠對身體產生有益作用的微生物。其定義為：「凡應用至人類或其他動物，藉由改善腸內微生物相平衡、有益於宿主的活菌。」人體腸道內約有一百兆的細菌，當腸道內的環境能夠調整為有益菌佔優勢，便能提高我們的免疫能力，預防老化和癌症等諸多疾病。食用益生菌，即可調整腸道菌落的組成，幫助人類抵抗各種感染原及抑制有害菌，增強消化道的防禦能力。
益生菌種類繁多，包括乳酸桿菌、保加利亞乳酸桿菌、嗜熱性鏈球菌、雙叉桿菌、比菲德氏菌等。益生菌生長代謝中所產生的醋酸和乳酸，能促進腸道蠕動，提高糞便中水分含量，使便秘患者排便正常，此外也能讓腸道保持在較低的酸鹼值，而使病原性及腐敗性細菌不易生長，以維持腸道中正常的微生物菌相。服用抗生素治療感染症時，會破壞腸道正常細菌叢的生長，因而產生腹瀉，此時若添加益生菌，可得到改善。有些益生菌也可將乳糖消化成乳酸，讓乳糖不耐症和消化不良等拉肚子問題得到解決。
現代人飲食方面越來越精緻，加上年紀增長，腸內有益菌逐漸減少，有害菌大量增加，因而造成疲倦、皮膚粗糙等現象，更甚者會影響養分正常吸收而產生疾病。益生菌已被廣泛應用在食品中，包括發酵乳、乳酸菌飲料、乳酪、優酪乳、酸乳、優格等，近年來各式各樣的乳酸菌、益生菌也紛紛在市場推出，有顆粒、膠囊、錠劑等劑型，每日適量攝取，可增加腸道內的益生菌，維持菌叢生態相的平衡狀態，將有助於人體的健康。